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¿Cómo mejorar la calidad de la síntesis de oligonucleótidos?

Tiempo de actualizacion : 2020-12-23

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¿Cómo mejorar la calidad de la síntesis de oligonucleótidos?
La síntesis tradicional de oligonucleótidos generalmente se denomina síntesis en columna, y se basa en un método de síntesis química de fosforamidita de cuatro pasos, en el que la síntesis de oligonucleótidos se realiza en una fase sólida y todavía la utilizan la mayoría de las empresas comerciales de síntesis de ADN.



En la actualidad, el sintetizador de ADN totalmente automatizado basado en el método de síntesis de fosforamidita puede aumentar el rendimiento de una sola síntesis de una a 1.536 secuencias. El costo de la síntesis de oligonucleótidos por el método de la fosforamidita también está disminuyendo gradualmente.

La síntesis en columna generalmente sintetiza oligonucleótidos en una escala de 10 a 1000 nmol, y el costo por base está entre US $ 0,05 y US $ 0,17. Estos oligonucleótidos normalmente pueden sintetizar hasta 100 nt, con una tasa de error del 0,5% o menos, y la eficacia de acoplamiento de cada monómero suele ser de hasta el 99%.

Oligonucleotide synthesis


Sin embargo, a medida que aumenta la longitud del oligonucleótido, generalmente disminuye el rendimiento del oligonucleótido de longitud completa. Además, la depurinación aleatoria de oligómeros sintéticos afectará el rendimiento de oligonucleótidos de longitud completa, especialmente en la etapa de desprotección ácida del ciclo de síntesis, la adenina es susceptible de depurinación y, en última instancia, promueve la estructura del oligonucleótido. Fragmento, lo que reduce el rendimiento de oligonucleótidos de longitud completa.



La disminución adicional en la calidad de la síntesis de oligonucleótidos se debe a la introducción de mutaciones aleatorias durante el proceso de síntesis, principalmente tipos de deleción de una sola base. Dichos errores provienen principalmente de la eliminación incompleta del grupo protector DMT o de la baja eficiencia general de las etapas de acoplamiento y protección en el ciclo de síntesis.

Es imposible eliminar por completo los errores sintéticos, porque la eficiencia de cualquier reacción química no puede alcanzar el 100%. Sin embargo, las mejoras en el proceso de síntesis aún pueden aumentar la duración y la calidad de la síntesis de oligonucleótidos.



Los principales proveedores de síntesis de ADN actuales se basan generalmente en oligonucleótidos sintéticos basados en columnas. Debido a que el oligonucleótido de tipo columna tiene una composición única, alto rendimiento y baja tasa de error, es más fácil de ensamblar para la síntesis de genes y tiene mayor fidelidad, lo que reduce en gran medida la dificultad de operación y el costo de corrección de errores.



El servicio de síntesis de oligonucleótidos de alto rendimiento proporcionado por Generalbiosystems reduce en gran medida la dificultad y el costo de la síntesis técnicamente, y puede aceptar requisitos personalizados de síntesis de oligonucleótidos, con mayor rendimiento de síntesis, baja tasa de error y menor tiempo de entrega. .